Het FC Brno U21-team is het reserveteam van de Tsjechische voetbalclub FC Brno. Het team speelt in de Moravisch-Silezische voetballiga, het derde niveau van het Tsjechische voetbalsysteem. Het team werd opgericht in 1945 en speelt zijn thuiswedstrijden in het Stadion Za Lužánkami in Brno. De huidige trainer van het team is Zdeněk Michálek.

Enkele opmerkelijke spelers die voor het FC Brno U21-team hebben gespeeld, zijn:

* David Hancko (huidige speler van Slavia Praag)
* Ondřej Karafiát (huidige speler van Sparta Praag)
* Lukáš Juliš (huidige speler van Legia Warschau)
* Jan Baránek (huidige speler van Vitória Guimarães)
* Michal Sáček (huidige speler van Sparta Praag)